Già nel 1623 risulta aperto un collegio di Gesuiti nella casa del patrizio faentino Alessandro Pasi, a lato della chiesa di S.Maria dell'Angelo. Nel 1677 il collegio si espande e viene ad occupare lo spazio attuale. Notevoli lavori di ristrutturazione furono intrapresi fra il 1831 ed il 1840 dai Gesuiti che si valsero dell'eredità del conte Cesare Naldi. Il grande scalone risale a tale periodo. Fra gli interventi successivi, ricordiamo in particolare quelli del 1930, al tempo del preside Socrate Topi che fece tra l'altro costruire l'Auditorium.

  Sede dei gesuiti fino al 1778, dei Cistercensi dal 1778 al 1798. Dal 1805 sede del Liceo Dipartimentale del Rubicone. Dopo la caduta di Napoleone, ritorna sede dei Gesuiti.  Regio liceo dal 1860 al 1861, poi di nuovo dal 1873 ai giorni nostri. Una descrizione dell'edificio si trova anche nei "Canti Orfici" di Dino Campana.