Se per quanto riguarda l'ambito medico e farmaceutico, gli OGM hanno trovato largo impiego e sono generalmente autorizzati dalla legge, essi hanno dato origine anche a diverse problematiche in svariati ambiti, che ora procederemo ad analizzare:

Impatto sulla salute umana:

A causa delle modifiche chimiche apportate agli organismi transgenici, possono verificarsi problemi di salute:

Impatto ambientale:

• Inquinamento chimico:                                                  Contrariamente a quanto le aziende hanno annunciato al pubblico, la quantità di erbicidi utilizzati nelle colture è stata aumentata, così come la soglia massima di contenuto di additivi chimici nelle piante OGM. Ciò comporta un inevitabile inquinamento dei terreni coltivati e delle acque sotterranee.

• Riduzione della biodiversità:                                                   Aumenta la possibilità che, oltre agli insetti target (le specie dannose per gli OGM),vengano colpiti insetti non-target innocui, per esempio farfalle e coccinelle.
• Distruzione delle barriere tra specie:                                              Per la creazione degli OGM si utilizzano geni provenienti anche da specie non attigue, con il rischio che l'organismo mutato possa interagire con altre forme di vita, riprodursi, trasferire le sue caratteristiche e così facendo, mutare le risposte alle sollecitazioni ambientali.

Impatto socio-economico:

Attualmente le multinazionali offrono al settore agricolo:

• la standardizzazione delle pratiche agricole in tutto il mondo.
• una totale dipendenza dei piccoli agricoltori nei confronti delle grandi multinazionali che vendono sementi, fertilizzanti e pesticidi, e li obbligano a ricomprarli ogni anno.
• un'agricoltura che non rispetta l'ambiente.

Tuttavia  l'operato delle multinazionali non risolve affatto il problema della fame nel mondo, in quanto bisognerebbe:

• Promuovere una distribuzione più equa.
• Realizzare infrastrutture adeguate per ogni regione.
• permettere ai piccoli agricoltori del Sud, che costituiscono i tre quarti delle persone che soffrono di malnutrizione, di attuare pratiche agricole adattate al loro ambiente, sostenibili nel lungo periodo e che non li rendano dipendenti da aziende agro-chimiche. 
• Promuovere un'agricoltura sostenibile.

Problema etico:

• I danni ai terreni di chi coltiva OGM si ripercuotono anche su eventuali vicini che non ne coltivano.
• Le autorità si dimostrano poco obiettive e carenti di informazioni in merito alla questione OGM, in quanto, attraverso sondaggi, è stato riscontrato che più la gente è informata, tanto più rifiuta gli OGM.
• Assistiamo ad una mercificazione della vita, poiché che aziende produttrici sono libere di brevettare le proprie invenzioni.